زعفران بایستی در مکان بهداشتی، سرد و دور از رطوبت و نور نگهداری شود. عمده ترین عواملی که در طی نگهداری زعفران می توانند موجب تخریب و کاهش کیفیت آن شوند عبارتند از:
پس از خشک کردن و سرد نمودن، زعفران را داخل ظروف مناسب قرار می دهند. زعفران ممکن است در ظروف شیشه ای، پاکت های پلی اتیلنی (L.D)، قوطی های پلی اتیلنی (H.D) و یا پاکت های آلومینیومی لایه دار بسته بندی شود. زعفران باید پس از بسته بندی برای جلوگیری از فشرده شدن داخل کارتن قرار گیرد و هنگام ترابری در جعبه های چوبی یا فلزی گذاشته شود. زعفران باید در مکان بهداشتی، درجه حرارت و رطوبت مناسب و دور از نور نگهداری شود. درجه حرارت محل نگهداری زعفران نباید از ۲۰ درجه سانتی گراد بیشتر باشد.